自建成以来，先后执行了载人航天工程神舟一号到神舟六号、神舟七号(含伴随飞行微小卫星) ，以及天宫一号与神舟八号、神舟九号、神舟十号交会对接等任务有效载荷在轨运行管理以及小卫星飞行控制，成功支持了空间生命科学实验、空间材料科学实验、微重力流体科学实验、基础物理科学实验、地球环境观测、空间环境监测与物理探测等50余项空间科学与应用任务。

　　有效载荷运控中心现拥有先进数据接收系统、高性能计算系统、高可靠存储系统、统一通信网络系统、可视指挥调度系统等，拥有18亩的地面数据接收站、460㎡的计算机设备机房、330㎡的监控大厅、128㎡的载荷工作室和128㎡的长管机房及配套设备设施，可以为百余人的科学实验队伍同时开展工作提供保障。突破并掌握了多任务协同规划、高速数据实时处理、海量数据快速归档、分布式共享存储、精准轨道计算与预报等关键技术，构建了较完备的运控技术、标准体系，具备多任务综合管理能力。

　　立足未来任务，开展了复杂任务智能规划技术、复杂载荷健康诊断技术、海量数据智能分析技术、空间遥科学实验技术、先进信道编译码等技术研究，不断探索满足未来多领域、高复杂、多群体的运控新模式与新方法。

　　在20年的成长历程中，有效载荷运控中心先后获得国家发明专利4项、软件著作权70余项、科技论文百余篇。荣获国家科技进步一等奖1项，省部及军队科技技术进步二等奖5项、三等奖2项，中国五四青年集体奖1项，载人航天突出贡献集体奖1项，国际宇航科学院杰出团队成就奖1项，中科院巾帼建功先进集体1项，中国五一劳动奖章、中国五四青年奖章、载人航天突出贡献者多人多项。